1992 és 1995 évek között kitört boszniai háború során Mostar és Sarajevó városokban nagy pusztulás történt.
Bosnyákok és boszniai horvátok között összetűzések történtek, és ennek következtében a tolerancia és egység szimbóluma Mostar város egy olyan várossá vált, mely kettévált az etnikai szempontból.
1993-ban a nemzetközi társadalom nem tudott véget vetni a volt Jugoszláviában történt háborúknak, és ebben az évben Mostar városban a legsűrűbb összetűzések történtek horvátok és bosnyákok között.
1993 Novemberében horvát tüzérek megsemmisítették a béke szimbóluma mostari hidat, melyet restaurálva újjá megnyitottak 2005-ben.
Az akkori időkben horvát kormány azt célozta, hogy Bosznia-Hercegovina területeinek egy részét csatolja Horvátország területeihez. Az utolsó 10 évben pedig Horvátország teljesen megváltoztatta a Bosznia-Hercegovina iránti politikáját.
Zágrábi vezetés az utolsó években közöli a boszniai horvátokkal, hogy Szarajevó a fővárosuk, és szarajevói vezetés keretében kell megoldaniuk a kérdésüket.
De sajnos mostari horvátok nem változtatják a magatartásukat. Napjainkban bosnyákok Mostar város csak keleti részében élhetnek.
Mostar nyugati része horvátok kontrollja alatt van, és bosnyákok nem tudnak visszatérni a háború előtti házukba.
A mostari horvátok túlnyomó része Bosznia-Hercegovinát nem fogadják el saját államuknak, és Mostar nyugati részét egy külön horvát területnek definiálják.
A háború előtt a Mostarban élő bosnyákok és horvátok aránya 35 százalék, szerbek aránya pedig 20 százalék volt. A népszámlálás következtében világossá vált, hogy horvátok aránya 60 százalékra, bosnyákok aránya 40 százalékra emelkedett. Szerbek pedig majdnem nincsenek a városban.
Az országban háború után egy új etnikai szerkezet jött létre, és ez megakadályozza Bosznia-Hercegovina egységét. A politikai pártok csak saját előnyükre gondolnak. A Bosznia-Hercegovinában feladatot teljesítő magas képviselők pedig nem találják a hosszújáratú megoldásokat.
A nép pedig gazdasági kérdésekkel foglalkozik.